Представитель знатного боярского рода.
Воспитывался при дворе Ивана IV.
Выдвинулся как активный деятель опричнины. Женился на дочери главного опричника, думного дворянина, Малюты Скуратова. Сестра Б. Годунова Ирина, жена царя Федора Иоанновича, сына Ивана IV,.
В 1591 г. после гибели в Угличе при загадочных обстоятельствах царевича Дмитрия Ивановича и смерти бездетного Федора Ивановича, Б. Годунов избран Земским Собором царем.
Во время его правления продолжилось освоение южных степей, построены города-крепости, Валуйки, Воронеж, Белгород и др., восстановлен Курск.
Тогда же в Курске поставлена первая каменная церковь — Верхне-Троицкая (датируется второй половиной XVII в.), о чём свидетельствует грамота царя Михаила Федоровича: "По грамотѣ царя Бориса, строилъ Іона въ Курскѣ, на краю посада, за рѣчкою Куромъ монастырь Троицы Живоначальныя и въ тотъ монастырь братію собралъ".
После смерти Б.Годунова на Руси начался период смуты, Москву занял Лжедмитрий I (июнь 1605). Вдова Годунова и его сын, царь Федор Борисович, были убиты.